knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/adultBrain/intersect.CerebellumOC.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M00962

4 Motif M01548

5 Motif M01628

6 Motif M00425

7 Motif M00097

8 Motif M01608

9 Motif M00451

10 Motif M00788

11 Motif MA0133.1

12 Motif MA0156.1

13 Motif PBM0072

14 Motif M01521

15 Motif PBM0093

16 Motif M01504

17 Motif M01532

18 Motif M00713

19 Motif PBM0184

20 Motif PBM0149

21 Motif PBM0079

22 Motif M00396

23 Motif M00728

24 Motif M00223

25 Motif M00703

26 Motif M00123

27 Motif M01116

28 Motif M01610

29 Motif M01511

30 Motif PBM0081

31 Motif PBM0162

32 Motif PBM0145

33 Motif PBM0049

34 Motif M00792

35 Motif M01122

36 Motif M00084

37 Motif M00735

38 Motif M00001

39 Motif M00746

40 Motif M00443

41 Motif M00024

42 Motif M01328

43 Motif M01470

44 Motif M01503

45 Motif M01636

46 Motif M00426

47 Motif M00251

48 Motif M01235

49 Motif M01217

50 Motif M01960

51 Motif PBM0022

52 Motif M00492

53 Motif MA0099.2

54 Motif M00338

55 Motif M00431

56 Motif M00427

57 Motif MA0019.1

58 Motif M01299

59 Motif M00644

60 Motif M00722

61 Motif M01772

62 Motif M01911

63 Motif M00465

64 Motif M01308

65 Motif M01240

66 Motif M00986

67 Motif M01639

68 Motif M01241

69 Motif PBM0191

70 Motif PBM0176

71 Motif M00450

72 Motif M00448

73 Motif M01972

74 Motif M00246

75 Motif M00235

76 Motif M01611

77 Motif M00706

78 Motif PBM0068

79 Motif M01509

80 Motif PBM0095

81 Motif PBM0103

82 Motif PBM0132

83 Motif M01057

84 Motif M00333

85 Motif M00008

86 Motif M00740

87 Motif M00730

88 Motif M01716

89 Motif M00083

90 Motif PBM0198

91 Motif PBM0181

92 Motif M00391

93 Motif M00654

94 Motif M00359

95 Motif M00701

96 Motif M00017

97 Motif M00916

98 Motif M00178

99 Motif M00981

100 Motif M00917

101 Motif MA0055.1

102 Motif M01302

103 Motif M00372

104 Motif M00408

105 Motif M00404

106 Motif MA0024.1

107 Motif M00918

108 Motif M01613

109 Motif M01621

110 Motif M00778

111 Motif M00466

112 Motif M00976

113 Motif M01966

114 Motif M01924

115 Motif M00752

116 Motif PBM0120

117 Motif PBM0107

118 Motif M01208

119 Motif M01163

120 Motif M00262

121 Motif M01243

122 Motif M00263

123 Motif M01609

124 Motif M00920

125 Motif M00516

126 Motif M00114

127 Motif M00051

128 Motif M00306

129 Motif M01925

130 Motif M00469

131 Motif M01903

132 Motif M01634

133 Motif M00942

134 Motif M01249

135 Motif M01770

136 Motif M00973

137 Motif M01577

138 Motif PBM0127

139 Motif M01251

140 Motif M01219

141 Motif M01525

142 Motif M00615

143 Motif M01111

144 Motif M01096

145 Motif M00163

146 Motif M01153

147 Motif M00772

148 Motif PBM0188

149 Motif M00055

150 Motif MA0028.1

151 Motif M00067

152 Motif M00357

153 Motif M00036

154 Motif M01862

155 Motif M01820

156 Motif M01586

157 Motif M00691

158 Motif M00513

159 Motif M00113

160 Motif M01863

161 Motif M01187

162 Motif M01186

163 Motif M00179

164 Motif MA0018.2

165 Motif M01861

166 Motif M00946

167 Motif M00944

168 Motif M00694

169 Motif M00375

170 Motif M00039

171 Motif M00041

172 Motif M01812

173 Motif M00514

174 Motif M00801

175 Motif M00369

176 Motif M01145

177 Motif M01114

178 Motif M00739

179 Motif M00737

180 Motif M00736

181 Motif M01673

182 Motif M01650

183 Motif M00969

184 Motif M00139

185 Motif M01571

186 Motif M00804

187 Motif M01839

188 Motif M00215

189 Motif M00936

190 Motif M00697

191 Motif M00376

192 Motif PBM0054

193 Motif M01512

194 Motif M00339

195 Motif M00490

196 Motif M00433

197 Motif PBM0019

198 Motif M00287

199 Motif M01068

200 Motif M01597

201 Motif PBM0118

202 Motif M00070

203 Motif M01657

204 Motif PBM0173

205 Motif PBM0142

206 Motif M01581

207 Motif M01947

208 Motif M01909

209 Motif MA0057.1

210 Motif PBM0085

211 Motif M01517

212 Motif M01169

213 Motif M00304

214 Motif M01643

215 Motif M00264

216 Motif M01959

217 Motif M00043

218 Motif M01558

219 Motif M01516

220 Motif M01034

221 Motif M00660

222 Motif M01958

223 Motif M00279

224 Motif M01807

225 Motif M01264

226 Motif M01306

227 Motif MA0059.1

228 Motif M01620

229 Motif M01065

230 Motif PBM0114

231 Motif MA0076.1

232 Motif M00108

233 Motif M00032

234 Motif M01648

235 Motif PBM0083

236 Motif M00277

237 Motif M01916

238 Motif M01304

239 Motif M01154

240 Motif PBM0091

241 Motif M01537

242 Motif M00220

243 Motif MA0058.1

244 Motif M01180

245 Motif M00064

246 Motif M01941

247 Motif PBM0013

248 Motif PBM0200

249 Motif M00236

250 Motif M00121

251 Motif M01793

252 Motif M00796

253 Motif M00539

254 Motif M00187

255 Motif M00371

256 Motif M00370

257 Motif M01742

258 Motif M00652

259 Motif M01938

260 Motif M01933

261 Motif PBM0195

262 Motif PBM0175

263 Motif M00919

264 Motif PBM0031

265 Motif MA0157.1

266 Motif M00104

267 Motif M01429

268 Motif MA0119.1

269 Motif M01196

270 Motif M01050

271 Motif MA0048.1

272 Motif MA0138.2

273 Motif M00687

274 Motif M00983

275 Motif M00763

276 Motif M00422

277 Motif M00991

278 Motif MA0007.1

279 Motif M01642

280 Motif PBM0124

281 Motif M00066

282 Motif M00767

283 Motif M00091

284 Motif MA0139.1

285 Motif M01259

286 Motif M01200

287 Motif MA0088.1

288 Motif M01827

289 Motif M01774

290 Motif M00821

291 Motif M00171

292 Motif M01953

293 Motif M01962

294 Motif M01139

295 Motif M01874

296 Motif M01670

297 Motif M01054

298 Motif M00065

299 Motif M00377

300 Motif PBM0156

301 Motif PBM0140

302 Motif M00141

303 Motif M00281

304 Motif M00356

305 Motif M00147

306 Motif M00007

307 Motif M01203

308 Motif M00511

309 Motif MA0160.1

310 Motif M01819

311 Motif PBM0199

312 Motif PBM0197

313 Motif MA0091.1

314 Motif M00806

315 Motif M00975

316 Motif MA0150.1

317 Motif M00398

318 Motif MA0071.1

319 Motif M00210

320 Motif M01582

321 Motif M00734

322 Motif M00193

323 Motif M00925

324 Motif M00303

325 Motif M01779

326 Motif M01792

327 Motif M00119

328 Motif M01737

329 Motif M01473

330 Motif M01471

331 Motif M01453

332 Motif M01354

333 Motif M01353

334 Motif M01335

335 Motif M01320

336 Motif M01477

337 Motif M01406

338 Motif M00424

339 Motif PBM0158

340 Motif PBM0139

341 Motif M00353

342 Motif M00276

343 Motif M00060

344 Motif M00073

345 Motif M01359

346 Motif PBM0039

347 Motif M00616

348 Motif M00280

349 Motif M00407

350 Motif M01433

351 Motif M01465

352 Motif PBM0005

353 Motif M00045

354 Motif M00250

355 Motif M01615

356 Motif M01549

357 Motif M01316

358 Motif M01431

359 Motif M01396

360 Motif M01449

361 Motif MA0135.1

362 Motif M01345

363 Motif M01313

364 Motif M01398

365 Motif M00021

366 Motif M01815

367 Motif M00102

368 Motif M01232

369 Motif M01255

370 Motif M01358