knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
##
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union
Load data
data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/adultBrain/intersect.CerebellumOC.bed.gz', sep = '\t', header = F)
v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)
Include all motifs
ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
data.sub <- data[data$motif == i, ]
cat('\n')
cat("#", paste('Motif', i), "\n")
# cat("\n")
print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
# cat("\n")
cat("\n")
}
Motif M00962

Motif M01548

Motif M01628

Motif M00425

Motif M00097

Motif M01608

Motif M00451

Motif M00788

Motif MA0133.1

Motif MA0156.1

Motif PBM0072

Motif M01521

Motif PBM0093

Motif M01504

Motif M01532

Motif M00713

Motif PBM0184

Motif PBM0149

Motif PBM0079

Motif M00396

Motif M00728

Motif M00223

Motif M00703

Motif M00123

Motif M01116

Motif M01610

Motif M01511

Motif PBM0081

Motif PBM0162

Motif PBM0145

Motif PBM0049

Motif M00792

Motif M01122

Motif M00084

Motif M00735

Motif M00001

Motif M00746

Motif M00443

Motif M00024

Motif M01328

Motif M01470

Motif M01503

Motif M01636

Motif M00426

Motif M00251

Motif M01235

Motif M01217

Motif M01960

Motif PBM0022

Motif M00492

Motif MA0099.2

Motif M00338

Motif M00431

Motif M00427

Motif MA0019.1

Motif M01299

Motif M00644

Motif M00722

Motif M01772

Motif M01911

Motif M00465

Motif M01308

Motif M01240

Motif M00986

Motif M01639

Motif M01241

Motif PBM0191

Motif PBM0176

Motif M00450

Motif M00448

Motif M01972

Motif M00246

Motif M00235

Motif M01611

Motif M00706

Motif PBM0068

Motif M01509

Motif PBM0095

Motif PBM0103

Motif PBM0132

Motif M01057

Motif M00333

Motif M00008

Motif M00740

Motif M00730

Motif M01716

Motif M00083

Motif PBM0198

Motif PBM0181

Motif M00391

Motif M00654

Motif M00359

Motif M00701

Motif M00017

Motif M00916

Motif M00178

Motif M00981

Motif M00917

Motif MA0055.1

Motif M01302

Motif M00372

Motif M00408

Motif M00404

Motif MA0024.1

Motif M00918

Motif M01613

Motif M01621

Motif M00778

Motif M00466

Motif M00976

Motif M01966

Motif M01924

Motif M00752

Motif PBM0120

Motif PBM0107

Motif M01208

Motif M01163

Motif M00262

Motif M01243

Motif M00263

Motif M01609

Motif M00920

Motif M00516

Motif M00114

Motif M00051

Motif M00306

Motif M01925

Motif M00469

Motif M01903

Motif M01634

Motif M00942

Motif M01249

Motif M01770

Motif M00973

Motif M01577

Motif PBM0127

Motif M01251

Motif M01219

Motif M01525

Motif M00615

Motif M01111

Motif M01096

Motif M00163

Motif M01153

Motif M00772

Motif PBM0188

Motif M00055

Motif MA0028.1

Motif M00067

Motif M00357

Motif M00036

Motif M01862

Motif M01820

Motif M01586

Motif M00691

Motif M00513

Motif M00113

Motif M01863

Motif M01187

Motif M01186

Motif M00179

Motif MA0018.2

Motif M01861

Motif M00946

Motif M00944

Motif M00694

Motif M00375

Motif M00039

Motif M00041

Motif M01812

Motif M00514

Motif M00801

Motif M00369

Motif M01145

Motif M01114

Motif M00739

Motif M00737

Motif M00736

Motif M01673

Motif M01650

Motif M00969

Motif M00139

Motif M01571

Motif M00804

Motif M01839

Motif M00215

Motif M00936

Motif M00697

Motif M00376

Motif PBM0054

Motif M01512

Motif M00339

Motif M00490

Motif M00433

Motif PBM0019

Motif M00287

Motif M01068

Motif M01597

Motif PBM0118

Motif M00070

Motif M01657

Motif PBM0173

Motif PBM0142

Motif M01581

Motif M01947

Motif M01909

Motif MA0057.1

Motif PBM0085

Motif M01517

Motif M01169

Motif M00304

Motif M01643

Motif M00264

Motif M01959

Motif M00043

Motif M01558

Motif M01516

Motif M01034

Motif M00660

Motif M01958

Motif M00279

Motif M01807

Motif M01264

Motif M01306

Motif MA0059.1

Motif M01620

Motif M01065

Motif PBM0114

Motif MA0076.1

Motif M00108

Motif M00032

Motif M01648

Motif PBM0083

Motif M00277

Motif M01916

Motif M01304

Motif M01154

Motif PBM0091

Motif M01537

Motif M00220

Motif MA0058.1

Motif M01180

Motif M00064

Motif M01941

Motif PBM0013

Motif PBM0200

Motif M00236

Motif M00121

Motif M01793

Motif M00796

Motif M00539

Motif M00187

Motif M00371

Motif M00370

Motif M01742

Motif M00652

Motif M01938

Motif M01933

Motif PBM0195

Motif PBM0175

Motif M00919

Motif PBM0031

Motif MA0157.1

Motif M00104

Motif M01429

Motif MA0119.1

Motif M01196

Motif M01050

Motif MA0048.1

Motif MA0138.2

Motif M00687

Motif M00983

Motif M00763

Motif M00422

Motif M00991

Motif MA0007.1

Motif M01642

Motif PBM0124

Motif M00066

Motif M00767

Motif M00091

Motif MA0139.1

Motif M01259

Motif M01200

Motif MA0088.1

Motif M01827

Motif M01774

Motif M00821

Motif M00171

Motif M01953

Motif M01962

Motif M01139

Motif M01874

Motif M01670

Motif M01054

Motif M00065

Motif M00377

Motif PBM0156

Motif PBM0140

Motif M00141

Motif M00281

Motif M00356

Motif M00147

Motif M00007

Motif M01203

Motif M00511

Motif MA0160.1

Motif M01819

Motif PBM0199

Motif PBM0197

Motif MA0091.1

Motif M00806

Motif M00975

Motif MA0150.1

Motif M00398

Motif MA0071.1

Motif M00210

Motif M01582

Motif M00734

Motif M00193

Motif M00925

Motif M00303

Motif M01779

Motif M01792

Motif M00119

Motif M01737

Motif M01473

Motif M01471

Motif M01453

Motif M01354

Motif M01353

Motif M01335

Motif M01320

Motif M01477

Motif M01406

Motif M00424

Motif PBM0158

Motif PBM0139

Motif M00353

Motif M00276

Motif M00060

Motif M00073

Motif M01359

Motif PBM0039

Motif M00616

Motif M00280

Motif M00407

Motif M01433

Motif M01465

Motif PBM0005

Motif M00045

Motif M00250

Motif M01615

Motif M01549

Motif M01316

Motif M01431

Motif M01396

Motif M01449

Motif MA0135.1

Motif M01345

Motif M01313

Motif M01398

Motif M00021

Motif M01815

Motif M00102

Motif M01232

Motif M01255

Motif M01358
